La Historia de Naruto se desarrolla en un mundo rodeado de aldeas de Ninjas. Uzumaki Naruto, el personaje principal de la historia, es un joven ninja de la aldea de Konoha que pretende convertirse en el ninja más fuerte de la aldea (Hokage) para que la gente lo reconozca, ya que por una extraña razón que el desconoce, los aldeanos de Konoha le guardan un extraño resentimiento y lo ven con desprecio.

La razón por lo que los aldeanos lo desprecian es por un acontecimiento sucedido hace 12 años en la aldea de Konoha, un enorme Zorro de 9 Colas atacó la aldea, su poder era tan enorme que al solo mover la cola provocaba Tsunamis, muchos ninjas murieron tratando de detener a esa bestia. Los esfuerzos de los ninjas eran inútiles, hasta que llego el 4to Hokage quien aunque no pudo matar a la bestia, logro encerrarla con una técnica dentro del cuerpo de un bebe. Ese bebe era..... Naruto. Es por eso que los aldeanos al ver a Naruto recuerdan con horror a aquel Zorro de 9 colas que mató a cientos de habitantes de Konoha.

Naruto vive solo y sin saber el secreto de que dentro de el habita el Zorro de 9 colas, Naruto deberá luchar para que la gente lo reconozca como un gran ninja. Para ello tendrá que recorrer un largo camino el cuál estará lleno de adversidades que debe superar.